Della prima costruzione benedettina rimane solo la bellissima cripta. Posta sotto l'altare maggiore della chiesa è il monumento integro più antico di Faenza e risulta composto da tre vani: uno principale e centrale a due navate con colonnato centrale e copertura a crociera e due vani secondari.

 E' possibile visitarla e l'ingresso è gratuito.

La chiesa faceva parte di un complesso monastico Benedettino, anteriore al nono secolo, poi Camaldolese, ricostruito nel 1700; è l'esempio più importante del tardo faentino, con influssi neoclassici e interferenze romane e venete.

La chiesa, ricostruita nel 1771-74 su progetto di autore ignoto, ricorda solo il nome del capo mastro, il faentino Gioachino Tomba, su "cartoni venuti da Roma". La facciata è inquadrata da due coppie di lesene.

L'interno presenta una grande ricchezza decorativa, con una lontana suggestione borrominiana, ma ripresa poi dai influssi dei Pirainesi tradotti soprattutto negli apparati di stucchi realizzati da Antonio Trentanove.

Tra le tante opere d'arte degna di nota è l'Icona veneto cretese del primo 500 venerata come Madonna della Purità, la pala di San Benedetto in passato attribuita ad Alessandro Ardenti, oggi assegnata a Giulio Tenducci. Infine un'opera moderna, morte di San Benedetto, del 1993 realizzata da Pietro Lenzini.

Dal 2009 la parrocchia è stata data in cura d'anime ai frati minori conventuali .

Con decreto vescovile del 9 Marzo 2019 la parrocchia è stata soppressa